A importância dos estuários é muito relevante. Os estuários fornecem alimento e habitat a uma gama muito grande de seres vivos com papel determinante na cadeia alimentar marinha, onde podemos destacar várias espécies de peixe com valor comercial.

Esta característica torna-se mais que suficiente para considerar os estuários como zonas ecologicamente importantes, que merecem muito cuidado no que toca à sua preservação.
Área de encontro entre a água do rio e o mar, a água doce que ali aflui traz consigo elevada carga de nutrientes e de matéria orgânica, que o rio acolheu ao longo do seu leito. Este facto gera condições para o desenvolvimento de uma cadeia alimentar altamente produtiva.
Os estuários são também maternidades, locais de postura e de desenvolvimento de juvenis de várias espécies de peixe que aproveitam os esconderijos proporcionados pelas plantas do sapal ou a água de menor profundidade para terem tempo de se alimentar e crescer até que possam voltar ao mar. Caso contrário, os predadores marinhos capturá-los-iam com facilidade.
O rio transporta elevada quantidade de materiais finos que se depositam em grande parte no interior do estuário formando zonas de baixa profundidade.
Servem igualmente de interface para as espécies aquáticas que passam uma parte das suas vidas no rio e outra no mar. Perturbações nos estuários têm necessariamente consequências negativas para as suas migrações e a diminuição perigosa das populações de peixe.
Existem também os valores de paisagem e de turismo de natureza, particularmente de observação de aves selvagens, que na Europa e noutros países desenvolvidos do mundo representa uma parcela economicamente atrativa.